В 2006 году на заседании Межведомственной комиссии по отбору космонавтов Сергей Рыжиков был зачислен в отряд космонавтов для прохождения общекосмической подготовки.

Человек перед полетом в космос испытывается не меньше, чем космический корабль, он должен быть готов не только к перегрузкам - к любой непредвиденной ситуации. В Севастополе, например, Сергей Рыжиков в составе условного экипажа вместе с американскими астронавтами Шенноном Уокером и Тимоти Кримерм участвовал в тренировках на случай посадки спускаемого аппарата на воду. Во время таких тренировок экипажи получают опыт взаимодействия с поисково-спасательными службами, отрабатывают действия по снятию скафандра, в котором космонавты находятся во время полета корабля к МКС и возвращения на Землю, переодеванию внутри спускаемого аппарата в полетные и теплозащитные костюмы и гидрокомбинезоны.

- Всегда нужно думать на шаг вперед, хорошо представлять очередность всех производимых операций внутри спускаемого аппарата, – рассказывал космонавт Сергей Рыжиков после одной из таких тренировок журналистам. – Эта тренировка позволяет вывести все наши навыки на интуитивный уровень, когда ты автоматически определяешь, где находится нужный переключатель, где расположено необходимое снаряжение.

Госэкзамены по общекосмической подготовке он сдал в ЦПК с оценкой «отлично». Сергей Рыжиков тренировался и на космодроме Байконур  в малом исследовательском модуле, и в Казахстане вместе с Олегом Новицким и Еленой Серовой учился выживать в условиях пустыни и полупустыни.